Citation: | Meng Li, Xinguo Liu, Shaolong Zhang, Jiahao Sun, Qinggang Zhang, Jianzhong Chen. Selective Mechanism of Inhibitors to Two Bromodomains of BRD4 Revealed by Multiple Replica Molecular Dynamics Simulations and Free Energy Analyses[J]. Chinese Journal of Chemical Physics . doi: 10.1063/1674-0068/cjcp2208126 |
[1] |
A. C. Belkina and G. V. Denis, Nat. Rev. Cancer 12, 465 (2012). doi: 10.1038/nrc3256
|
[2] |
P. Filippakopoulos and S. Knapp, FEBS Lett. 586, 2692 (2012). doi: 10.1016/j.febslet.2012.04.045
|
[3] |
Z. Yang, J. H. N. Yik, R. Chen, N. He, M. K. Jang, K. Ozato, and Q. Zhou, Mol. Cell 19, 535 (2005). doi: 10.1016/j.molcel.2005.06.029
|
[4] |
T. Fujisawa and P. Filippakopoulos, Nat. Rev. Mol. Cell Bio. 18, 246 (2017). doi: 10.1038/nrm.2016.143
|
[5] |
E. Ferri, C. Petosa, and C. E. McKenna, Biochem. Pharmacol. 106, 1 (2016). doi: 10.1016/j.bcp.2015.12.005
|
[6] |
P. Filippakopoulos, S. Picaud, M. Mangos, T. Keates, J. P. Lambert, D. Barsyte Lovejoy, I. Felletar, R. Volkmer, S. Müller, T. Pawson, A. C. Gingras, C. H. Arrowsmith, and S. Knapp, Cell 149, 214 (2012). doi: 10.1016/j.cell.2012.02.013
|
[7] |
S. Y. Wu and C. M. Chiang, J. Biol. Chem. 282, 13141 (2007). doi: 10.1074/jbc.R700001200
|
[8] |
X. Tang, R. Peng, J. E. Phillips, J. Deguzman, Y. Ren, S. Apparsundaram, Q. Luo, C. M. Bauer, M. E. Fuentes, J. A. DeMartino, G. Tyagi, R. Garrido, C. M. Hogaboam, C. P. Denton, A. M. Holmes, C. Kitson, C. S. Stevenson, and D. C. Budd, Am. J. Pathol. 183, 470 (2013). doi: 10.1016/j.ajpath.2013.04.020
|
[9] |
O. Goundiam, P. Gestraud, T. Popova, T. De la Motte Rouge, V. Fourchotte, D. Gentien, P. Hupé, V. Becette, C. Houdayer, S. Roman-Roman, M. H. Stern, and X. Sastre-Garau, Int. J. Cancer 137, 1890 (2015). doi: 10.1002/ijc.29568
|
[10] |
X. Mu, L. Bai, Y. Xu, J. Wang, and H. Lu, Biochem. Bioph. Res. Co. 521, 833 (2020). doi: 10.1016/j.bbrc.2019.11.007
|
[11] |
C. A. French, C. L. Ramirez, J. Kolmakova, T. T. Hickman, M. J. Cameron, M. E. Thyne, J. L. Kutok, J. A. Toretsky, A. K. Tadavarthy, U. R. Kees, J. A. Fletcher, and J. C. Aster, Oncogene 27, 2237 (2008). doi: 10.1038/sj.onc.1210852
|
[12] |
S. Mujtaba, L. Zeng, and M. M. Zhou, Oncogene 26, 5521 (2007). doi: 10.1038/sj.onc.1210618
|
[13] |
S. G. Smith and M. M. Zhou, ACS Chem. Biol. 11, 598 (2016). doi: 10.1021/acschembio.5b00831
|
[14] |
Y. Duan, Y. Guan, W. Qin, X. Zhai, B. Yu, and H. Liu, MedChemComm 9, 1779 (2018). doi: 10.1039/C8MD00198G
|
[15] |
P. Filippakopoulos, J. Qi, S. Picaud, Y. Shen, W. B. Smith, O. Fedorov, E. M. Morse, T. Keates, T. T. Hickman, I. Felletar, M. Philpott, S. Munro, M. R. McKeown, Y. Wang, A. L. Christie, N. West, M. J. Cameron, B. Schwartz, T. D. Heightman, N. La Thangue, C. A. French, O. Wiest, A. L. Kung, S. Knapp, and J. E. Bradner, Nature 468, 1067 (2010). doi: 10.1038/nature09504
|
[16] |
C. Berthon, E. Raffoux, X. Thomas, N. Vey, C. Gomez Roca, K. Yee, D. C. Taussig, K. Rezai, C. Roumier, P. Herait, C. Kahatt, B. Quesnel, M. Michallet, C. Recher, F. Lokiec, C. Preudhomme, and H. Dombret, Lancet Haematol. 3, e186 (2016). doi: 10.1016/S2352-3026(15)00247-1
|
[17] |
O. Mirguet, R. Gosmini, J. Toum, C. A. Clément, M. Barnathan, J. M. Brusq, J. E. Mordaunt, R. M. Grimes, M. Crowe, O. Pineau, M. Ajakane, A. Daugan, P. Jeffrey, L. Cutler, A. C. Haynes, N. N. Smithers, C. w. Chung, P. Bamborough, I. J. Uings, A. Lewis, J. Witherington, N. Parr, R. K. Prinjha, and E. Nicodème, J. Med. Chem. 56, 7501 (2013). doi: 10.1021/jm401088k
|
[18] |
T. Lu, W. Lu, and C. Luo, Expert Opin. Ther. Pat. 30, 57 (2020). doi: 10.1080/13543776.2020.1702645
|
[19] |
G. Andrieu, A. C. Belkina, and G. V. Denis, Drug Discov. Today Technol. 19, 45 (2016). doi: 10.1016/j.ddtec.2016.06.004
|
[20] |
D. B. Doroshow, J. P. Eder, and P. M. LoRusso, Ann. Oncol. 28, 1776 (2017). doi: 10.1093/annonc/mdx157
|
[21] |
S. Picaud, C. Wells, I. Felletar, D. Brotherton, S. Martin, P. Savitsky, B. Diez Dacal, M. Philpott, C. Bountra, H. Lingard, O. Fedorov, S. Müller, E. Brennan Paul, S. Knapp, and P. Filippakopoulos, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110, 19754 (2013). doi: 10.1073/pnas.1310658110
|
[22] |
J. Liu, Z. Duan, W. Guo, L. Zeng, Y. Wu, Y. Chen, F. Tai, Y. Wang, Y. Lin, Q. Zhang, Y. He, J. Deng, R. L. Stewart, C. Wang, P. C. Lin, S. Ghaffari, B. M. Evers, S. Liu, M. M. Zhou, B. P. Zhou, and J. Shi, Nat. Commun. 9, 5200 (2018). doi: 10.1038/s41467-018-07258-y
|
[23] |
L. T. Wang, S. N. Wang, S. S. Chiou, K. Y. Liu, C. Y. Chai, C. M. Chiang, S. K. Huang, K. K. Yokoyama, and S. H. Hsu, Oncogene 38, 518 (2019). doi: 10.1038/s41388-018-0457-z
|
[24] |
C. M. Chiang, Chem. Biol. 21, 804 (2014). doi: 10.1016/j.chembiol.2014.07.003
|
[25] |
M. Gacias, G. Gerona Navarro, Alexander N. Plotnikov, G. Zhang, L. Zeng, J. Kaur, G. Moy, E. Rusinova, Y. Rodriguez, B. Matikainen, A. Vincek, J. Joshua, P. Casaccia, and M. M. Zhou, Chem. Biol. 21, 841 (2014). doi: 10.1016/j.chembiol.2014.05.009
|
[26] |
C. Galdeano and A. Ciulli, Future Med. Chem. 8, 1655 (2016). doi: 10.4155/fmc-2016-0059
|
[27] |
Y. Liu, X. Wang, J. Zhang, H. Huang, B. Ding, J. Wu, and Y. Shi, Biochemistry 47, 6403 (2008). doi: 10.1021/bi8001659
|
[28] |
O. Gilan, I. Rioja, K. Knezevic, J. Bell Matthew, M. Yeung Miriam, R. Harker Nicola, Y. N. Lam Enid, C. Chung, P. Bamborough, M. Petretich, M. Urh, J. Atkinson Stephen, K. Bassil Anna, J. Roberts Emma, D. Vassiliadis, L. Burr Marian, G. S. Preston Alex, C. Wellaway, T. Werner, R. Gray James, A. M. Michon, T. Gobbetti, V. Kumar, E. Soden Peter, A. Haynes, J. Vappiani, F. Tough David, S. Taylor, S. J. Dawson, M. Bantscheff, M. Lindon, G. Drewes, H. Demont Emmanuel, L. Daniels Danette, P. Grandi, K. Prinjha Rab, and A. Dawson Mark, Science 368, 387 (2020). doi: 10.1126/science.aaz8455
|
[29] |
E. J. Faivre, K. F. McDaniel, D. H. Albert, S. R. Mantena, J. P. Plotnik, D. Wilcox, L. Zhang, M. H. Bui, G. S. Sheppard, L. Wang, V. Sehgal, X. Lin, X. Huang, X. Lu, T. Uziel, P. Hessler, L. T. Lam, R. J. Bellin, G. Mehta, S. Fidanze, J. K. Pratt, D. Liu, L. A. Hasvold, C. Sun, S. C. Panchal, J. J. Nicolette, S. L. Fossey, C. H. Park, K. Longenecker, L. Bigelow, M. Torrent, S. H. Rosenberg, W. M. Kati, and Y. Shen, Nature 578, 306 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1930-8
|
[30] |
G. S. Sheppard, L. Wang, S. D. Fidanze, L. A. Hasvold, D. Liu, J. K. Pratt, C. H. Park, K. Longenecker, W. Qiu, M. Torrent, P. J. Kovar, M. Bui, E. Faivre, X. Huang, X. Lin, D. Wilcox, L. Zhang, Y. Shen, D. H. Albert, T. J. Magoc, G. Rajaraman, W. M. Kati, and K. F. McDaniel, J. Med. Chem. 63, 5585 (2020). doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c00628
|
[31] |
M. Yang, X. Zhang, and K. Han, Proteins 78, 2222 (2010). doi: 10.1002/prot.22734
|
[32] |
S. Lu, W. Huang, Q. Wang, Q. Shen, S. Li, R. Nussinov, and J. Zhang, Biophys. J. 108, 528a (2015). doi: 10.1016/j.bpj.2014.11.2894
|
[33] |
M. J. Yang, X. Q. Pang, X. Zhang, and K. L. Han, J. Struct. Biol. 173, 57 (2011). doi: 10.1016/j.jsb.2010.07.013
|
[34] |
G. Li, H. Shen, D. Zhang, Y. Li, and H. Wang, J. Chem. Theory Comput. 12, 676 (2016). doi: 10.1021/acs.jctc.5b00903
|
[35] |
G. Hu, A. Ma, X. Dou, L. Zhao, and J. Wang, Int. J. Mol. Sci. 17, 819 (2016). doi: 10.3390/ijms17060819
|
[36] |
J. Su, X. Liu, S. Zhang, F. Yan, Q. Zhang, and J. Chen, J. Biomol. Struct. Dyn. 36, 1212 (2018). doi: 10.1080/07391102.2017.1317666
|
[37] |
J. Chen, X. Wang, L. Pang, J. Z. H. Zhang, and T. Zhu, Nucleic Acids Res. 47, 6618 (2019). doi: 10.1093/nar/gkz499
|
[38] |
Q. Wang, Y. Li, J. Xu, Y. Wang, D. Shi, L. Liu, E. L. H. Leung, and X. Yao, Proteins 87, 3 (2019). doi: 10.1002/prot.25611
|
[39] |
R. Tumdam, A. Kumar, N. Subbarao, and B. S. Balaji, SAR QSAR Environ. Res. 29, 975 (2018). doi: 10.1080/1062936X.2018.1537301
|
[40] |
S. Chen, Y. He, Y. Geng, Z. Wang, L. Han, and W. Han, Molecules 27, 118 (2022).
|
[41] |
T. Fu, G. Zheng, G. Tu, F. Yang, Y. Chen, X. Yao, X. Li, W. Xue, and F. Zhu, ACS Chem. Neurosci. 9, 1492 (2018). doi: 10.1021/acschemneuro.8b00059
|
[42] |
J. Wang and Y. Miao, J. Phys. Chem. B 123, 6462 (2019). doi: 10.1021/acs.jpcb.9b04867
|
[43] |
J. Wang, P. R. Arantes, A. Bhattarai, R. V. Hsu, S. Pawnikar, Y.-m. M. Huang, G. Palermo, and Y. Miao, Wires Comput. Mol. Scimol. Sci 11, e1521 (2021). doi: 10.1002/wcms.1521
|
[44] |
Z. Sun, Z. Gong, F. Xia, and X. He, Chem. Phys. 548, 111245 (2021). doi: 10.1016/j.chemphys.2021.111245
|
[45] |
W. Xue, P. Wang, G. Tu, F. Yang, G. Zheng, X. Li, X. Li, Y. Chen, X. Yao, and F. Zhu, Phys. Chem. Chem. Phys. 20, 6606 (2018). doi: 10.1039/C7CP07869B
|
[46] |
L. Wang, Y. Wang, H. Sun, J. Zhao, and Q. Wang, Chem. Phys. Lett. 736, 136785 (2019). doi: 10.1016/j.cplett.2019.136785
|
[47] |
G. Hu, A. Ma, and J. Wang, J. Chem. Inf. Model. 57, 918 (2017). doi: 10.1021/acs.jcim.7b00139
|
[48] |
L. Duan, X. Liu, and J. Z. H. Zhang, J. Am. Chem. Soc. 138, 5722 (2016). doi: 10.1021/jacs.6b02682
|
[49] |
X. Jia, M. Wang, Y. Shao, G. König, B. R. Brooks, J. Z. H. Zhang, and Y. Mei, J. Chem. Theory Comput. 12, 499 (2016). doi: 10.1021/acs.jctc.5b00920
|
[50] |
M. Aldeghi, A. Heifetz, M. J. Bodkin, S. Knapp, and P. C. Biggin, Chem. Sci. 7, 207 (2016). doi: 10.1039/C5SC02678D
|
[51] |
Y. Gao, T. Zhu, and J. Chen, Chem. Phys. Lett. 706, 400 (2018). doi: 10.1016/j.cplett.2018.06.040
|
[52] |
L. F. Wang, Y. Wang, Z. Y. Yang, J. Zhao, H. B. Sun, and S. L. Wu, SAR QSAR Environ. Res. 31, 373 (2020). doi: 10.1080/1062936X.2020.1748107
|
[53] |
W. Wang and A. Kollman Peter, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 14937 (2001). doi: 10.1073/pnas.251265598
|
[54] |
T. Hou, J. Wang, Y. Li, and W. Wang, J. Comput. Chem. 32, 866 (2011). doi: 10.1002/jcc.21666
|
[55] |
Z. Sun, Z. Huai, Q. He, and Z. Liu, J. Chem. Inf. Model. 61, 6107 (2021). doi: 10.1021/acs.jcim.1c01208
|
[56] |
W. Xue, F. Yang, P. Wang, G. Zheng, Y. Chen, X. Yao, and F. Zhu, ACS Chem. Neurosci. 9, 1128 (2018). doi: 10.1021/acschemneuro.7b00490
|
[57] |
T. Hou and R. Yu, J. Med. Chem. 50, 1177 (2007). doi: 10.1021/jm0609162
|
[58] |
J. Su, X. Liu, S. Zhang, F. Yan, Q. Zhang, and J. Chen, Chem. Biol. Drug Des. 93, 163 (2019). doi: 10.1111/cbdd.13398
|
[59] |
D. Shi, Q. Bai, S. Zhou, X. Liu, H. Liu, and X. Yao, Proteins 86, 43 (2018). doi: 10.1002/prot.25401
|
[60] |
M. Aldeghi, A. Heifetz, M. J. Bodkin, S. Knapp, and P. C. Biggin, J. Am. Chem. Soc. 139, 946 (2017). doi: 10.1021/jacs.6b11467
|
[61] |
M. Shi, J. He, T. Weng, N. Shi, W. Qi, Y. Guo, T. Chen, L. Chen, and D. Xu, Phys. Chem. Chem. Phys. 24, 5125 (2022). doi: 10.1039/D1CP05490B
|
[62] |
Q. Wang, Y. Li, J. Xu, Y. Wang, E. L. H. Leung, L. Liu, and X. Yao, Sci. Rep. 7, 8857 (2017). doi: 10.1038/s41598-017-08909-8
|
[63] |
J. Chen, X. Liu, S. Zhang, J. Chen, H. Sun, L. Zhang, and Q. Zhang, Phys. Chem. Chem. Phys. 22, 2262 (2020). doi: 10.1039/C9CP05704H
|
[64] |
P. Auffinger and E. Westhof, J. Mol. Biol. 269, 326 (1997). doi: 10.1006/jmbi.1997.1022
|
[65] |
L. S. D. Caves, J. D. Evanseck, and M. Karplus, Protein Sci. 7, 649 (1998). doi: 10.1002/pro.5560070314
|
[66] |
B. Knapp, L. Ospina, and C. M. Deane, J. Chem. Theory Comput. 14, 6127 (2018). doi: 10.1021/acs.jctc.8b00391
|
[67] |
J. Chen, J. Wang, B. Yin, L. Pang, W. Wang, and W. Zhu, ACS Chem. Neurosci. 10, 4303 (2019). doi: 10.1021/acschemneuro.9b00348
|
[68] |
Y. Wang, S. Wu, L. Wang, Z. Yang, J. Zhao, and L. Zhang, RSC Adv. 11, 745 (2021). doi: 10.1039/D0RA09469B
|
[69] |
J. chen, B. Yin, L. Pang, W. Wang, J. Z. H. Zhang, and T. Zhu, J. Biomol. Struct. Dyn. 38, 2141 (2020). doi: 10.1080/07391102.2019.1624616
|
[70] |
S. Liang, X. Liu, S. Zhang, M. Li, Q. Zhang, and J. Chen, Phys. Chem. Chem. Phys. 24, 1743 (2022). doi: 10.1039/D1CP04361G
|
[71] |
J. Chen, S. Zhang, Q. Zeng, W. Wang, Q. Zhang, and X. Liu, Fron. Mol. Biosci. 9, 912518 (2022). doi: 10.3389/fmolb.2022.912518
|
[72] |
F. Yan, X. Liu, S. Zhang, J. Su, Q. Zhang, and J. Chen, Int. J. Mol. Sci. 19, 2496 (2018). doi: 10.3390/ijms19092496
|
[73] |
J. T. Seal, S. J. Atkinson, H. Aylott, P. Bamborough, C. W. Chung, R. C. B. Copley, L. Gordon, P. Grandi, J. R. J. Gray, L. A. Harrison, T. G. Hayhow, M. Lindon, C. Messenger, A. M. Michon, D. Mitchell, A. Preston, R. K. Prinjha, I. Rioja, S. Taylor, I. D. Wall, R. J. Watson, J. M. Woolven, and E. H. Demont, J. Med. Chem. 63, 9093 (2020). doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c00796
|
[74] |
S. W. Ember, Q. T. Lambert, N. Berndt, S. Gunawan, M. Ayaz, M. Tauro, J. Y. Zhu, P. J. Cranfill, P. Greninger, C. C. Lynch, C. H. Benes, H. R. Lawrence, G. W. Reuther, N. J. Lawrence, and E. Schönbrunn, Mol. Cancer Ther. 16, 1054 (2017). doi: 10.1158/1535-7163.MCT-16-0568-T
|
[75] |
T. Ichiye and M. Karplus, Proteins 11, 205 (1991). doi: 10.1002/prot.340110305
|
[76] |
J. Chen, L. Wang, W. Wang, H. Sun, L. Pang, and H. Bao, Comput. Biol. Med. 135, 104639 (2021). doi: 10.1016/j.compbiomed.2021.104639
|
[77] |
R. M. Levy, A. R. Srinivasan, W. K. Olson, and J. A. McCammon, Biopolymers 23, 1099 (1984). doi: 10.1002/bip.360230610
|
[78] |
A. E. García, Phys. Rev. Lett. 68, 2696 (1992). doi: 10.1103/PhysRevLett.68.2696
|
[79] |
R. M. Karim, M. J. Bikowitz, A. Chan, J. Y. Zhu, D. Grassie, A. Becker, N. Berndt, S. Gunawan, N. J. Lawrence, and E. Schönbrunn, J. Med. Chem. 64, 15772 (2021). doi: 10.1021/acs.jmedchem.1c01096
|
[80] |
R. Anandakrishnan, B. Aguilar, and A. V. Onufriev, Nucleic Acids Res. 40, W537 (2012). doi: 10.1093/nar/gks375
|
[81] |
A. Jakalian, B. L. Bush, D. B. Jack, and C. I. Bayly, J. Comput. Chem. 21, 132 (2000). doi: 10.1002/(SICI)1096-987X(20000130)21:2<132::AID-JCC5>3.0.CO;2-P
|
[82] |
A. Jakalian, D. B. Jack, and C. I. Bayly, J. Comput. Chem. 23, 1623 (2002). doi: 10.1002/jcc.10128
|
[83] |
J. Wang, R. M. Wolf, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, and D. A. Case, J. Comput. Chem. 25, 1157 (2004). doi: 10.1002/jcc.20035
|
[84] |
J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. C. Berendsen, J. Comput. Phys. 23, 327 (1977). doi: 10.1016/0021-9991(77)90098-5
|
[85] |
W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys. 79, 926 (1983). doi: 10.1063/1.445869
|
[86] |
T. Darden, D. York, and L. Pedersen, J. Chem. Phys. 98, 10089 (1993). doi: 10.1063/1.464397
|
[87] |
U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, and L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 103, 8577 (1995). doi: 10.1063/1.470117
|
[88] |
S. Le Grand, A. W. Götz, and R. C. Walker, Comput. Phys. Commun. 184, 374 (2013). doi: 10.1016/j.cpc.2012.09.022
|
[89] |
A. W. Götz, M. J. Williamson, D. Xu, D. Poole, S. Le Grand, and R. C. Walker, J. Chem. Theory Comput. 8, 1542 (2012). doi: 10.1021/ct200909j
|
[90] |
R. Salomon Ferrer, A. W. Götz, D. Poole, S. Le Grand, and R. C. Walker, J. Chem. Theory Comput. 9, 3878 (2013). doi: 10.1021/ct400314y
|
[91] |
J. Wang, P. Morin, W. Wang, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 123, 5221 (2001). doi: 10.1021/ja003834q
|
[92] |
J. Su, X. Liu, S. Zhang, F. Yan, Q. Zhang, and J. Chen, Chem. Biol. Drug Des. 91, 828 (2018). doi: 10.1111/cbdd.13148
|
[93] |
J. Chen, S. Zhang, W. Wang, H. Sun, Q. Zhang, and X. Liu, ACS Chem. Neurosci. 12, 2591 (2021). doi: 10.1021/acschemneuro.0c00813
|
[94] |
E. L. Wu, K. Han, and J. Z. H. Zhang, Chem. Eur. J. 14, 8704 (2008). doi: 10.1002/chem.200800277
|
[95] |
H. Sun, Y. Li, S. Tian, L. Xu, and T. Hou, Phys. Chem. Chem. Phys. 16, 16719 (2014). doi: 10.1039/C4CP01388C
|
[96] |
H. Sun, Y. Li, M. Shen, S. Tian, L. Xu, P. Pan, Y. Guan, and T. Hou, Phys. Chem. Chem. Phys. 16, 22035 (2014). doi: 10.1039/C4CP03179B
|
[97] |
D. Sitkoff, K. A. Sharp, and B. Honig, J. Phys. Chem. 98, 1978 (1994). doi: 10.1021/j100058a043
|
[98] |
H. Gohlke, C. Kiel, and D. A. Case, J. Mol. Biol. 330, 891 (2003). doi: 10.1016/S0022-2836(03)00610-7
|
[99] |
B. R. Miller, T. D. McGee, J. M. Swails, N. Homeyer, H. Gohlke, and A. E. Roitberg, J. Chem. Theory Comput. 8, 3314 (2012). doi: 10.1021/ct300418h
|
[100] |
B. Xu, H. Shen, X. Zhu, and G. Li, J. Comput. Chem. 32, 3188 (2011). doi: 10.1002/jcc.21900
|
[101] |
J. Chen, S. Zhang, W. Wang, L. Pang, Q. Zhang, and X. Liu, J. Chem. Inf. Model. 61, 1954 (2021). doi: 10.1021/acs.jcim.0c01470
|
[102] |
M. Laberge and T. Yonetani, Biophys. J. 94, 2737 (2008). doi: 10.1529/biophysj.107.114942
|
[103] |
A. D. McLachlan, J. Mol. Biol. 128, 49 (1979). doi: 10.1016/0022-2836(79)90308-5
|
![]() |
![]() |