Citation: | Xue Yin, Dong-bao Yao, Hao-jun Liang. Tuning Gene Expression by Hairpin Elements near the Start Codon of mRNA in Mammalian Cells[J]. Chinese Journal of Chemical Physics . doi: 10.1063/1674-0068/cjcp2207107 |
[1] |
S. Grabow, A. J. Kueh, F. Ke, H. K. Vanyai, B. N. Sheikh, M. A. Dengler, W. Chiang, S. Eccles, I. M. Smyth, L. K. Jones, F. J. de Sauvage, M. Scott, L. Whitehead, A. K. Voss, and A. Strasser, Cell Rep. 24, 3285 (2018). doi: 10.1016/j.celrep.2018.08.048
|
[2] |
F. Wei, S. Zhong, Z. Ma, H. Kong, A. Medvec, R. Ahmed, J. F. Gordon, M. Krogsgaard, and L. R. James, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110, E2480 (2013). doi: 10.1073/pnas.1305394110
|
[3] |
H. Bao, Y. Ding, F. Yang, J. Zhang, J. Xie, C. Zhao, K. Du, Y. Zeng, K. Zhao, Z. Li, and Z. Yang, BMC Genom. 23, 346 (2022). doi: 10.1186/s12864-022-08549-x
|
[4] |
Z. T. Ding, Z. Zhang, D. Luo, J. Y. Zhou, J. Zhong, J. Yang, L. Xiao, D. Shu, and H. Tan, Int. J. Mol. Sci. 16, 10301 (2015). doi: 10.3390/ijms160510301
|
[5] |
M. B. Kopniczky, S. J. Moore, and P. S. Freemont, IEEE Trans. Biomed. Circuits Syst. 9, 485 (2015). doi: 10.1109/TBCAS.2015.2451707
|
[6] |
S. Ausländer, D. Ausländer, and M. Fussenegger, Angew Chem. Int. Ed. 56, 6396 (2017). doi: 10.1002/anie.201609229
|
[7] |
M. P. McNerney, D. M. Watstein, and M. P. Styczynski, Metab. Eng. 31, 123 (2015). doi: 10.1016/j.ymben.2015.06.011
|
[8] |
T. Li, B. Liu, M. H. Spalding, D. P. Weeks, and B. Yang, Nat. Biotechnol. 30, 390 (2012). doi: 10.1038/nbt.2199
|
[9] |
H. Ledford, Nature 531, 156 (2016). doi: 10.1038/531156a
|
[10] |
Z. Lu, S. Yang, X. Yuan, Y. Shi, L. Ouyang, S. Jiang, L. Yi, and G. Zhang, Nucleic Acids Res. 47, e40 (2019). doi: 10.1093/nar/gkz072
|
[11] |
J. P. Ferreira, R. W. Peacock, I. E. Lawhorn, and C. L. Wang, Synth. Syst. Biotechnol. 5, 131 (2011). doi: 10.1007/s11693-011-9089-0
|
[12] |
J. Blazeck and H. S. Alper, J. Biotechnol. 8, 46 (2013). doi: 10.1002/biot.201200120
|
[13] |
A. J. Brown, B. Sweeney, D. O. Mainwaring, and D. C. James, Biotechnol. Bioeng. 111, 1638 (2014). doi: 10.1002/bit.25227
|
[14] |
M. He, X. Zhou, Z. Li, X. Yin, W. Han, J. Zhou, X. Sun, X. Liu, D. Yao, and H. Liang, J. Am. Chem. Soc. 144, 12690 (2022). doi: 10.1021/jacs.2c02271
|
[15] |
H. Nakanishi, H. Saito, and K. Itaka, ACS Synthetic Biology. 11, 1077 (2022). doi: 10.1021/acssynbio.1c00567
|
[16] |
L. A. Gilbert, M. H. Larson, L. Morsut, Z. Liu, G. A. Brar, S. E. Torres, N. Stern-Ginossar, O. Brandman, E. H. Whitehead, J. A. Doudna, W. A. Lim, J. S. Weissman, and L. S. Qi, Cell 154, 442 (2013). doi: 10.1016/j.cell.2013.06.044
|
[17] |
S. Konermann, M. D. Brigham, A. E. Trevino, J. Joung, O. O. Abudayyeh, C. Barcena, P. D. Hsu, N. Habib, J. S. Gootenberg, H. Nishimasu, O. Nureki, and F. Zhang, Nature 517, 583 (2015). doi: 10.1038/nature14136
|
[18] |
J. G. Zalatan, M. E. Lee, R. Almeida, L. A. Gilbert, E. H. Whitehead, M. La Russa, J. C. Tsai, J. S. Weissman, J. E. Dueber, L. S. Qi, and W. A. Lim, Cell 160, 339 (2015). doi: 10.1016/j.cell.2014.11.052
|
[19] |
Y. S. Michaels, M. B. Barnkob, H. Barbosa, T. A. Baeumler, M. K. Thompson, V. Andre, H. Colin-York, M. Fritzsche, U. Gileadi, H. M. Sheppard, D. J. H. F. Knapp, T. A. Milne, V. Cerundolo, and T. A. Fulga, Nat. Commun. 10, 818 (2019). doi: 10.1038/s41467-019-08777-y
|
[20] |
S. Matsuura, H. Ono, S. Kawasaki, Y. Kuang, Y. Fujita, and H. Saito, Nat. Commun. 9, 4847 (2018). doi: 10.1038/s41467-018-07181-2
|
[21] |
Y. Yokobayashi, Curr. Opin. Chem. Biol. 52, 72 (2019). doi: 10.1016/j.cbpa.2019.05.018
|
[22] |
S. D. Petersen, J. Zhang, J. S. Lee, T. Jakociunas, L. M. Grav, H. F. Kildegaard, J. D. Keasling, and M. K. Jensen, Nucleic Acids Res. 46, e127 (2018). doi: 10.1093/nar/gky734
|
[23] |
J. P. Ferreira, K. W. Overton, and C. L. Wang, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110, 11284 (2013). doi: 10.1073/pnas.1305590110
|
[24] |
L. Jia, Y. Mao, Q. Ji, D. Dersh, J. W. Yewdell, and S. B. Qian, Nat. Struct. Mol. Biol. 27, 814 (2020). doi: 10.1038/s41594-020-0465-x
|
[25] |
K. Leppek, R. Das, and M. Barna, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 19, 158 (2018). doi: 10.1038/nrm.2017.103
|
[26] |
K. Endo, J. A. Stapleton, K. Hayashi, H. Saito, and T. Inoue, Nucleic Acids Res. 41, e135 (2013). doi: 10.1093/nar/gkt347
|
[27] |
M. Kozak, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 2850 (1986). doi: 10.1073/pnas.83.9.2850
|
[28] |
P. Eisenhut, A. Mebrahtu, M. Moradi Barzadd, N. Thalén, G. Klanert, M. Weinguny, A. Sandegren, C. Su, D. Hatton, N. Borth, and J. Rockberg, Nucleic Acids Res. 48, e119 (2020). doi: 10.1093/nar/gkaa847
|
[29] |
J. R. Babendure, J. L. Babendure, J. H. Ding, and R. Y. Tsien, RNA 12, 851 (2006). doi: 10.1261/rna.2309906
|
[30] |
E. Lamping, M. Niimi, and R. D. Cannon, Microb. Cell Fact. 12, 74 (2013). doi: 10.1186/1475-2859-12-74
|
[31] |
T. Weenink, J. van der Hilst, R. M. McKiernan, and T. Ellis, Synth. Biol. 3, ysy019 (2018). doi: 10.1093/synbio/ysy019
|
[32] |
R. J. Jackson, C. U. T. Hellen, and T. V. Pestova, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 11, 113 (2010). doi: 10.1038/nrm2838
|
[33] |
G. Hinnebusch Alan, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 75, 434 (2011). doi: 10.1128/MMBR.00008-11
|
[34] |
T. Zhang, A. Wu, Y. Yue, and Y. Zhao, Int. J. Mol. Sci. 21, 6238 (2020). doi: 10.3390/ijms21176238
|
[35] |
E. Calvo Sarah, J. Pagliarini David, and K. Mootha Vamsi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 7507 (2009). doi: 10.1073/pnas.0810916106
|